托盘系统设计是物流信息托盘系统开发过程中另一个重要阶段。托盘系统设计阶段根据托盘系统分析的结果，在已经获得批准的托盘系统分析报告的基础上，进行新托盘系统设计。
托盘系统设计包括两个方面，首先是总体结构的设计，其次是具体物理模型的设汁。托盘系统设计的主要目的就是为下一阶段的托盘系统实现制定蓝图。托盘系统设计阶段的主要任务就是在各种技术和实施方法中权衡利弊，精心设计，合理地使用各种资源，最终勾画出新托盘系统的详细设计方案托盘系统切换后可开始投入运行。托盘系统运行包括托盘系统的日常操作、维护等。任何一个托盘系统都不是一开始就很好的，总是经过多重的开发、运行、再开发、冉运行的循环不断上升的。开发的思想只有在运行中才能得到检验，而运行中不断积累问题是新的开发思想的源泉。
随着托盘物流信息化作用的增加，物流信息托盘系统主管部门在企业中的地位越来越高，信息托盘系统的组织也越来越健全和庞大。托盘系统运行管理制度是托盘系统管理的一个重要内容，是确保托盘系统按预定目标运行并充分发挥其效益的一个必要条件，它通常应该包括托盘系统运行的组织机构、基础数据管理、运行制度管理、托盘系统运行结果分析等内容。通过托盘系统测试，应用软件的错误应该已经基本排除，但是并不能保证排除了全部的错误，也不能保证不出现新的错误。
因此，在托盘系统运行之后，仍然需要进行托盘系统的正确性维护。该阶段可能出现的错误主要有：托盘系统测试阶段尚未发现的错误；输入检测不完善或键盘屏蔽不全面引起的输入错误；以前未遇到过的数据输入组合或数据量增大引起的错误。对于影响托盘系统运行的严重错误，必须及时进行修改，而且要进行复查。托盘系统的日常使用维护。除了托盘系统的硬件维护和软件维护，托盘系统在日常使用过程中也有很多维护性的工作，如定期预防性的硬件维护、软件托盘系统的日常维护。对于托盘系统的硬件托盘系统，不仅需要进行适时的更新和灾发性故障的维修，而且需要进行定期的预防性维护，例如在每周或每月同定的时间对托盘系统硬件进行常规性检查和保养。定期进行硬件托盘系统的维护可以减少以后的托盘系统维护工作量，降低维护的费用。
